Naloga agencije na področju železniškega prometa je spremljanje konkurence na trgu storitev v potniškem in tovornem prometu. Agencija izvaja tudi nadzor glede neodvisnosti upravljavca železniške infrastrukture v vertikalno integriranem podjetju ter glede preglednosti njegovega finančnega poslovanja. Če agencija ugotovi kršitve svobodne konkurence ali predpisov, ukrepa v skladu z Zakonom o železniškem prometu in drugimi predpisi, ki urejajo železniški promet. Agencija prav tako odloča o pritožbah, ki so povezane:
- s programom omrežja in v njem vsebovanimi merili,
- s postopkom dodeljevanja vlakovnih poti in odločitvami v tem postopku,
- z ureditvijo določanja in zaračunavanja uporabnine,
- z enakopravnim dostopom do javne železniške infrastrukture,
- z ureditvijo dostopa do dodatnih storitev in njihovim zaračunavanjem,
- z upravljanjem prometa,
- z načrtovanjem obnavljanja ter načrtovanim in nenačrtovanim vzdrževanjem železniške infrastrukture,
- s skladnostjo glede zahtevane neodvisnosti upravljavca v vertikalno integriranem podjetju ter zahtevane preglednosti njegovega finančnega poslovanja in
- z drugimi vprašanji, ki so ključnega pomena za enakopravno uporabo javne železniške infrastrukture.
Pri odločanju o posameznih upravnih zadevah agencija postopa v skladu z zakonom, ki ureja splošni upravni postopek, če posamezna vprašanja z Zakonom o železniškem prometu niso urejena drugače.
Odločitev agencije je dokončna in zavezujoča za vse stranke v postopku, zoper njene odločbe pa je možen upravni spor.
Liberalizacija trga železniških storitev
Temeljno načelo politike Evropske unije je oblikovanje enotnega evropskega trga, predpogoj za uresničitev tega cilja pa je trajnostni razvoj prometnega omrežja. Zato so države članice začele izvajati ukrepe za postopno odpiranje trga storitev tudi na področju železniškega prometa za čezmejno konkurenco.
Trg storitev v železniškem prometu za čezmejno konkurenco se je začel odpirati v dveh korakih:
- Do 1. januarja 2006 so prevozniki iz držav članic Evropske unije pod enakimi in pravičnimi pogoji pridobili pravico dostopa na železniško infrastrukturo posamezne države članice Evropske unije za opravljanje storitev v mednarodnem prevozu blaga. S 1. januarjem 2007 je bila v vseh državah članicah Evropske unije ta pravica razširjena na opravljanje vseh vrst storitev v železniškem prevozu blaga.
- Do 1. januarja 2010 so prevozniki v potniškem železniškem prometu iz držav članic Evropske unije pridobili pravico dostopa na železniško infrastrukturo za opravljanje storitev v mednarodnem prevozu potnikov. Od 16. junija 2018 je ta pravica razširjena tudi na storitev prevoza potnikov v notranjem železniškem prometu.
Za zagotavljanje pravičnega in nediskriminatornega dostopa do železniške infrastrukture ter svobodne konkurence storitev v železniškem prometu so države članice Evropske unije ustanovile neodvisne regulatorne organe.