S ciljem zagotavljanja pravičnega in nediskriminatornega dostopa na javno železniško infrastrukturo ter spodbujanja svobodne konkurence na trgu storitev v železniškem prometu, agencija odloča o pritožbah deležnikov v železniškem prometu. Agencija odloča o pritožbah prosilcev ali drugih upravičenih subjektov, povezanih:
- s programom omrežja in v njem vsebovanimi merili;
- s postopkom dodeljevanja vlakovnih poti in odločitvami v tem postopku;
- z ureditvijo določanja in zaračunavanja uporabnine;
- z enakopravnim dostopom do javne železniške infrastrukture;
- z ureditvijo dostopa do dodatnih storitev in njihovim zaračunavanjem;
- z drugimi vprašanji, ki so ključnega pomena za enakopravno uporabo javne železniške infrastrukture.
Če agencija ugotovi kršitve svobodne konkurence ali kršitve zakonodaje v zvezi z dodeljevanjem vlakovnih poti, ali z določanjem in zaračunavanjem uporabnine, ali dostopom do dodatnih storitev in njihovim zaračunavanjem, ukrepa po uradni dolžnosti skladno z Zakonom o železniškem prometu in drugimi predpisi, ki urejajo železniški promet.
Pri odločanju o posameznih upravnih zadevah iz svoje pristojnosti, postopa agencija v skladu z zakonom, ki ureja splošni upravni postopek, če posamezna vprašanja, z Zakonom o železniškem prometu, niso urejena drugače.
Agencija odloči najpozneje v šestih tednih po prejemu vseh informacij, potrebnih za odločitev. Odločitev agencije je dokončna in zavezujoča za vse stranke v postopku. Zoper odločbe agencije je dopusten upravni spor.