Agencija je skladno z novo metodologijo zaračunavanja uporabnine, od upravljavca javne železniške infrastrukture zahtevala letno poročilo o zaračunavanju uporabnine, ki zajema poročilo o razporejanju stroškov in prihodkov iz naslova zaračunavanja uporabnine za poročevalsko leto in poročilo o spremembi metodologije zaračunavanja uporabnine. Agencija je postopku pregleda predmetnega poročila preverjala, ali upravljavec zagotavlja skladnost s prvim pododstavkom prvega odstavka 29. člena direktive (v povezavi z drugim oddelkom četrtega poglavja Direktive 2012/34/EU), kjer je navedeno, da države članice vzpostavijo okvir za zaračunavanje uporabnin, pri čemer upoštevajo neodvisnost upravljanja. Agencija se v predmetnem postopku ni opredeljevala do same vsebine in pravilnosti izračuna uporabnin ampak je preverjala ali upravljavec infrastrukture ustrezno in redno evidentira spremembe procesov navedenih v metodologiji za izračun uporabnine. Metodologija namreč predstavlja osnovo, na kateri upravljavec infrastrukture pripravlja izračun uporabnin storitev v železniškem prometu, ki jih izvaja in ena izmed ključnih nalog agencije je, da redno sledi spremembam le-te, kar je bil tudi namen izvedenega postopka, torej preverjanje okvirja za izračunavanje uporabnin. Veljavno sestavljena in preverjena listina oziroma metodologija, v kateri so poslovni dogodki vrednostno in v določenih primerih tudi količinsko izkazani, je namreč podlaga in predmet računovodske obravnave ter pogoj za verodostojnost računovodskih podatkov in informacij in na podlagi tega tudi regulatornih nalog agencije.
V okviru preverjanja uporabnine za storitve na trgu železniškega prometa, ki jih izvaja upravljavec infrastrukture, je agencija upravljavca pozvala tudi k posredovanju poročila o prihodkih, stroških in dobičku pri zaračunavanju uporabe javne železniške infrastrukture, pri čemer je upravljavca tekom postopka pozvala k posodobitvi izračuna cenovnih postavk, saj so te temeljile na stroških iz leta 2017. Upravljavec je zato v posodobljeni verziji metodologije za zaračunavanje uporabnin izračunal in prikazal tudi nove lastne cene za storitve v železniškem prometu.